L'élevage a généré 16,8 % de l’économie agricole indonésienne en 2023. Il est concerné par la campagne d’autosuffisance de la production animale engagée en 2011 par les autorités indonésiennes. Le Président-élu, Prabowo Subianto, dont l'investiture est fixée au 20 octobre 2024, a également annoncé la mise en œuvre d'un programme de repas scolaires nutritifs gratuits incluant des rations de lait, qui nécessite un développement substantiel et rapide du cheptel de vaches (notamment laitières). Le secteur est confronté à plusieurs problèmes et enjeux : usage excessif d’antibiotiques et d'activateurs de croissance, défaillances du système de transport du bétail (des bovins en particulier), manque d’expertise pour gérer l’ensemble de la production animale (traçabilité), chaîne du froid limitée, enjeu de conformité des abattoirs aux standards d’hygiène, épizooties, etc. La filière avicole est auto-suffisante. Sur la filière ovine / bovine, à l'exception de quelques méga-fermes, les exploitations sont généralement de petite taille et regroupées autour d’une structure privée fournissant équipements et formation. L’Indonésie est, en revanche, le 3e producteur mondial de produits de la mer, avec une production de 24,74 M T en 2023, dont 7,78 M T pour la pêche et 16,96 M T pour l’aquaculture. L’aquaculture représente 51 % de la valeur du secteur, soit 16 Mds EUR. Les productions aquacoles indonésiennes sont pour la plupart destinées à l’export, et plus spécifiquement les crevettes, les poissons pélagiques (thon listao et maquereau), les céphalopodes et crabes, les algues, les perles, le mérou et les poissons d'ornement.